販売代理人に対する仲介手数料支払について相談します。

Q.ご相談内容

仲介手数料についての相談です。
現在、マイホーム建設の為、条件付き土地の購入を検討しています.
中堅ハウスメーカーに伺った際、まだ公表する前の土地を紹介して頂きました。
公表前であり他の方と希望が重なった場合は抽選ということを言われました。
それが今年の６／２の話です。
また当初はハウスメーカーが売主の為、仲介手数料不要と聞いていました。
しかし、次に打ち合わせ（６／１０）をした際に実は代理の為、仲介手数料が必要ということになりました。また、７／１より広告がでてその後に抽選になるという連絡もその時に受けました。
不動産にあまり知識もないため、そういうものだと一度は受け入れました。
６／２３に打ち合わせをした際は抽選ではない方法があるという提案をうけました。
７／１に広告がでるので６／３０までに【不動産買付申込書】を提出すれば抽選なしで私達に売ります、という話でした。
私たちも希望の土地ということで６／３０に【不動産買付申込書】を提出しました。
【不動産買付申込書】には土地の金額と仲介手数料、買付予定地のおおよその住所、広さ（㎡）を記載する場所があります。
その土地は４区画ある内の１区画で４区画すべて同じハウスメーカーによる条件付土地です。
７／１にまだ決まっていない区画はネット等で広告を出すと聞いていましたのでネットで広告の状況を確認すると、私たちの希望している区画も含め仲介手数料不要と書いてありました。
同じハウスメーカーで同じ区画で仲介手数料が必要な場合と不要な場合があるなんて考えられませんでした。

まだ、ハウスメーカーの担当者に事実確認はしてませんがその前に教えて頂きたい事があります。
他の区画もすべて同じハウスメーカーの条件付きにもかかわらず、私達だけ仲介手数料を支払う事は一般的にあるのでしょうか。
また、支払うとなったとしても土地価格が２，５００万弱に対して、仲介手数料を１００万以上請求されています。その金額は法定上限を超えているのではないでしょうか。（私の考えでは、２，５００万円として×０．０３％＋６万円×消費税＝８７４，８００円が限度額だと思います。）この考えが間違っているのでしょうか。支払う必要がないものであれば支払いたくはありません。（他の土地の方も全員が支払うとなった場合はルールとして支払う意思はあります）
今後の流れとして次回会うのが７月下旬でその時点で重要事項説明の後に土地の契約となります。
ちなみに取引態様は代理となっています。