長期譲渡所得とは？短期譲渡所得との違いと計算方法を解説！

長期譲渡所得は、1月1日時点の所有期間が5年を超える土地や建物などを売却したときに生じる利益です。税率は約20%であり、所有期間5年以下の売却益を指す短期譲渡所得の約半分です。

同じ不動産を売却する場合でも、長期譲渡所得と短期譲渡所得のどちらに該当するかで譲渡所得税の負担は変わります。

この記事では、長期譲渡所得の税率や計算方法、税負担を軽減できる特別控除、確定申告の手続き方法などを解説します。

長期譲渡所得とは所有期間が5年を超えた不動産を売ったときに発生した利益

マイホームや土地を売ったときの利益を譲渡所得といいます。そのうち、譲渡した年の1月1日時点で所有期間が5年超の土地や建物を売ったときの利益が長期譲渡所得です。

譲渡所得には短期譲渡所得もあります。

長期譲渡所得について知るためには、まず短期譲渡所得との違いを知ることが必要です。

1月1日時点の所有期間で判断

長期譲渡所得と短期譲渡所得のどちらに当てはまるかは、売った年の1月1日時点の所有期間で判断します。

実際の所有期間が5年を超えていても、1月1日時点で5年以下であれば短期譲渡所得になります。

たとえば、売却したマンションの取得日が2017年3月1日、売却日が2022年3月15日である場合、売却した年の1月1日時点の所有期間は約4年10か月です。

売却日を基準にすると所有期間は5年を超えていますが、その年の1月1日時点では5年以下となるため、この不動産を売却したときに生じた利益は「短期譲渡所得」となります。

長期譲渡所得と短期譲渡所得の違い

長期譲渡所得と短期譲渡所得は、所得税・住民税の課税対象です。2037年までは復興特別所得税も課税されます。

課税される税金の種類は同じですが、税率は異なります。具体的には、以下のとおりです。

• 長期譲渡所得：20.315%（所得税・復興特別所得税15.315%、住民税5%）
• 短期譲渡所得：39.63%（所得税・復興特別所得税30.63%、住民税9%）

上記のとおり、短期譲渡所得に該当すると長期譲渡所得の約2倍の税金が課税されます。

たとえば、課税の対象となる譲渡所得が1,000万円の場合、長期譲渡所得であれば税額は約203万円ですが、短期譲渡所得に該当すると約396万円となり、約193万円の差が生じます。

長期譲渡所得の税額の計算方法

譲渡所得は「分離課税」の対象です。給与所得や事業所得といった他の所得とは分離し、課税の対象となる譲渡所得の金額（課税譲渡所得金額）に税額をかけて計算をします。

課税長期譲渡所得金額の計算方法は以下のとおりです。

• 課税譲渡所得金額＝譲渡価額－（取得費＋譲渡費用）－特別控除

譲渡価額は、主に不動産の売却代金です。また、買主と固定資産税や都市計画税の日割り精算を行い、買主負担分の精算金を受け取った場合は、その金額も譲渡価額に含めます。

取得費、譲渡費用に該当する費用は以下のとおりです。

取得費

取得費とは、土地や建物を取得するためにかかった費用のことです。具体的な費用は以下のとおりです。

• 土地・建物の購入代金
• 建物の建築代金
• 不動産会社に支払った購入時の仲介手数料
• 造成費・土地の測量費
• 取得時の登録免許税、不動産取得税、印紙税
• 土地・建物取得時に支払った立退料　など

建物の場合は年数が経つにつれて価値が下がるため、購入価格から減価償却費相当額を差し引く必要があります。

売主自身が住むために利用していた不動産を売却する場合、減価償却費相当額の計算方法は以下のとおりです。

• 減価償却費相当額＝建物の価額×0.9×償却率× 経過年数

償却率は、建物の構造や用途に応じて定められる耐用年数によって決まります。

たとえば、居住用である鉄骨鉄筋コンクリート造（SRC造）マンションの場合、原則として法定耐用年数は70年、償却率は0.015として減価償却費相当額を計算します。

経過年数は、建物を取得した日から売却した日までの期間のことです。6か月以上の端数は1年に切り上げ、6か月未満の端数は切り捨てて計算します。

土地や建物の取得費がわからない場合は、5%相当額を「概算取得費」として譲渡所得を計算できます。

譲渡費用

譲渡費用は、不動産を売ったときにかかった費用のことです。具体的には以下の費用が該当します。

• 不動産会社に支払った売却時の仲介手数料
• 売買契約書の印紙税（売主負担分）
• 借家人などに支払う立退料
• 土地を売るために行った建物の取壊し費用
• より有利な条件で売却するために支払った契約解除の違約金
• 借地権売却時の名義書換料（地主の承諾料など）

一方、不動産を維持・管理するための費用は譲渡費用に含まれません。たとえば、修繕費、固定資産税などは対象外です。

譲渡所得を軽減する特別控除や特例を紹介

課税譲渡所得金額を求める際、一定の要件を満たすと特別控除額を差し引くことが可能です。また、マイホームとして利用していた不動産を売却するときは、譲渡所得税の負担を軽減できる特例を受けられる場合があります。

3,000万円特別控除

3,000万円特別控除は、マイホーム（居住用財産）を売却した場合、要件を満たすと譲渡所得から最高3,000万円を控除できる制度です。

譲渡所得が3,000万円以下であれば、3,000万円特別控除を適用することで譲渡所得税はかからなくなります。

譲渡所得が3,000万円を超える場合でも、この特別控除を受けられると譲渡所得税の負担を大幅に軽減することが可能です。

なお、買い換え特例との併用はできないため、どちらの特例を利用するかはよく検討する必要があります。

相続空き家の3,000万円特別控除

相続空き家の3,000万円特別控除は、一定の要件を満たす相続した空き家を売却した場合に、譲渡所得から最高3,000万円を控除できる制度です。

主な適用要件は以下のとおりです。

• 昭和56年5月31日以前に建築された建物であること
• 区分所有建物（マンション等）でないこと
• 相続の直前に被相続人以外の居住者がいなかったこと

上記に該当する空き家について、所定の耐震改修を施して現行の耐震基準に適合させるか、または取り壊しをして更地にしたうえで売却すると、一定の要件を満たすと譲渡所得から最高3,000万円を控除できます。

ただし、空き家を相続した人が3人以上であり、かつ2024年1月1日以後に譲渡する場合は、控除額の上限は2,000万円に引き下げられます。

10年超所有軽減税率の特例

10年超所有軽減税率の特例とは、所有期間が10年超の不動産を売ったときに、一定の要件を満たすことで長期譲渡所得の税率が引き下げられる特例です。

この特例を適用できると、課税譲渡所得金額6,000万円以下の部分の税率が以下のとおりに軽減されます。

• 課税長期譲渡所得金額6,000万円以下の部分：14.21%（所得税・復興特別所得税10.21%+住民税4%）
• 課税長期譲渡所得金額6,000万円超の部分：20.315%（所得税・復興特別所得税15.315%+住民税5%）

また、軽減税率の特例は、3,000万円特別控除と併用できます。

両方の制度を適用すると、譲渡所得から3,000万円を控除した残りの課税譲渡所得金額のうち6,000万円までに軽減された税率が適用されます。そのため、譲渡所得税の負担を大幅に軽減することが可能です。

買換え特例

買換え特例とは、特定のマイホームを売って代わりのマイホームに買い換えた場合に、売ったときの利益に対する課税を将来に繰り延べられる制度です。

売却時点の譲渡所得税が免除されるわけではありませんが、売却した年の納税を先送りできるため、より多くの売却代金を新居の購入資金に充てたいときに役立つ制度です。

ただし、3,000万円特別控除と買換え特例は併用できません。

取得費加算の特例

取得費加算の特例は、相続した不動産を売却する際に、支払った相続税の一部を取得費に上乗せできる制度です。

相続した不動産を売却する場合、相続税の一部を取得費に加算することで、課税譲渡所得金額が減り、譲渡所得税の負担を軽減する効果が期待できます。

この特例を受けるためには、取得した人に相続税が課税されている必要があります。また、相続の開始があった日の翌日から、相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日（相続開始から約3年10か月以内）に不動産を売却しなければなりません。

長期 vs 短期の税額比較シミュレーション

売却価格などの条件が同じである場合、短期譲渡所得と長期譲渡所得で税額はいくら変わるものなのでしょうか。ここでは、以下の条件で税額をシミュレーションします。

• 譲渡価額：5,000万円
• 取得費：4,000万円
• 譲渡費用：200万円

上記のケースで「控除特例が適用にならないケース」「取得費が不明なケース」「3,000万円特別控除を適用できるケース」のそれぞれで税額を試算します。

控除特例が適用にならないケース

まず、3,000万円特別控除などの控除特例が適用にならない場合の税額を計算します。譲渡所得は以下のとおりです。

• 譲渡所得=5,000万円−（4,000万円+200万円）=800万円

この譲渡所得800万円に対して、長期譲渡所得（20.315%）と短期譲渡所得（39.63%）それぞれの税率を適用すると、税額は以下のとおりとなります。

• 短期譲渡所得の税額：800万円×39.63%=約317万円
• 長期譲渡所得の税額：800万円×20.315%=約162.5万円

同じ売却益であっても、売却益が短期譲渡所得となる場合は税額は約317万円、長期譲渡所得であれば約162.5万円となり、約154.5万円の差が生じる結果となりました。

取得費が不明なケース

次に、取得費が分からず概算取得費（譲渡価額の5%）を使った場合を見てみましょう。概算取得費と譲渡所得は以下のとおりです。

• 概算取得費=5,000万円×5%=250万円
• 譲渡所得=5,000万円−（250万円+200万円）=4,550万円

取得費が小さくなる分、譲渡所得が大きくなります。それぞれの税率を適用した税額は以下のとおりとなります。

• 短期譲渡所得の税額：4,550万円×39.63%=約1,803万円
• 長期譲渡所得の税額：4,550万円×20.315%=約924万円

短期譲渡所得に該当する場合の税額は約1,803万円、長期譲渡所得の場合は約924万円であり、差額は約879万円となりました。取得費が4,000万円と判明しているケースに比べて、税額だけでなく差額も大幅に拡大しています。

3,000万円特別控除が適用になるケース

最後に、取得費が不明なケースの譲渡所得4,550万円に対して、3,000万円特別控除を適用できた場合の税額を試算します。

課税譲渡所得は以下のとおりです。

• 課税譲渡所得=4,550万円−3,000万円=1,550万円

この1,550万円に長期譲渡所得の税率を適用すると、税額は以下のとおりとなります。

• 長期譲渡所得の税額=1,550万円×20.315%=約315万円

特別控除を受けない場合の税額約924万円と比べて、約609万円の税負担が軽減される結果となりました。

譲渡所得が出たときの確定申告方法

譲渡所得が発生した場合は、売却の翌年に確定申告をする必要があります。また、3,000万円特別控除や軽減税率の特例などの控除特例は、確定申告をしなければ適用されません。

以下では、確定申告の時期や必要書類、申告方法について詳しく解説します。

確定申告時期

確定申告の期間は、不動産を売却した年の翌年2月16日〜3月15日までです。3月15日が閉庁日（土日祝日）にあたる年は、翌開庁日（次の平日）が申告期限となります。

たとえば、2025年中に不動産を売却した場合、確定申告の受付期間は2026年2月16日（月）から3月16日（月）までです。2026年3月15日は日曜日のため、翌16日の月曜日が申告期限となります。

譲渡所得税が発生する場合、確定申告の期間内に所得税と復興特別所得税を納めなければなりません。住民税については、確定申告をした年の6月ごろに自治体から送付される納税通知書をもとに納めます。

必要書類

確定申告に必要な書類は次のとおりです。

• 確定申告書 第一表・第二表・第三表（分離課税用）
• 譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書【土地・建物用】）
• 売買契約書（購入時および売却時）の写し
• 取得費・譲渡費用がわかる書類：仲介手数料や建物の解体費などが分かる領収書
• 本人確認書類：マイナンバーカードの裏面と表面、または番号確認書類（例：通知カード）と身元確認書類（例：運転免許証）
  
※上記の他にも書類が必要となる場合があります


確定申告の際は、売買契約書や領収書などをもとに譲渡所得の内訳書と確定申告書を作成し、申告する人が住んでいる地域を所轄する税務署に提出します。

売買契約書や領収書を確定申告時に提出する必要はありませんが、税務署から問い合わせがあった際に提示できるように保管しておきましょう。

3,000万円特別控除や10年超所有の軽減税率などの特例を利用する場合は、戸籍の附票の写しといった追加書類の提出を求められます。控除特例ごとに必要書類が異なるため、事前に確認しておきましょう。

必要書類は国税庁のホームページにある「確定申告書等の様式・手引き等」で確認できます。不明点や疑問点がある場合は、税務署に問い合わせるか不動産売買に精通した税理士に相談するとよいでしょう。

確定申告の方法

確定申告書や添付書類の提出方法には、以下の3種類があります。

• e-Tax（国税電子申告・納税システム）：マイナンバーカードを用いてインターネット経由で確定申告書の電子データを送信する方法
• 税務署へ持参して提出：作成した確定申告書と必要書類を管轄する税務署の窓口に持参して提出する方法
• 郵送で提出：確定申告書を郵便物（第一種郵便物）または信書便で送付する方法

e-Taxであれば、自宅などのインターネット回線を通じて確定申告の手続きを完結できるため、税務署に持参したり郵送したりする手間を省くことができます。

利用する場合は、マイナンバーカードとそれを読み取れる機器（スマートフォン・ICカードリーダライタなど）を準備しましょう。

長期譲渡所得に関するよくある質問

最後に、長期譲渡所得に関してよく寄せられる質問に回答します。

Q.所有期間5年ちょうどは長期譲渡所得？

所有期間が5年ちょうどの場合は、短期譲渡所得に該当します。

長期譲渡所得は、譲渡した年の1月1日時点で所有期間が5年を「超える」場合に適用され、5年以下は短期譲渡所得として扱われるためです。

たとえば、2019年1月1日に取得した物件を2025年4月1日に売却する場合、2025年1月1日時点の所有期間はちょうど5年となるため、短期譲渡所得として課税の対象となります。

Q.相続した不動産の所有期間はどう考えればいいの？

相続によって取得した不動産の所有期間は、被相続人（亡くなった方）がその不動産を取得した日を引き継いで判定します。

たとえば、被相続人が1995年4月1日に取得した不動産を、2026年6月30日に相続人が売却する場合、2026年1月1日時点での所有期間は30年9か月です。

相続人が相続した日を基準に所有期間を判定するわけではない点に注意しましょう。

Q.所有期間が5年を超えるまで待ってから売ったほうがいいの？

長期と短期では税率に約2倍の差があるため、税負担のみを考えると所有期間が5年を超えてから売却するほうが有利といえます。

しかし、不動産の価格は時期によって変動するため、売却した年の1月1日時点の所有期間が5年を超えるまで待っている間に売却価格が下がるかもしれません。また、所有している間は固定資産税や管理費、修繕積立金などの維持費も発生し続けます。

所有期間が5年を超えるまで待つことが良いとは限らないため、不動産売却の実績が豊富な不動産会社ともよく相談して売却するタイミングを検討することが大切です。

Q.取得費がわからない場合はどうする？

取得費が分からない場合は、譲渡価額の5%を概算取得費として譲渡所得税を計算できます。たとえば、譲渡価額が3,000万円で取得費が不明な場合、概算取得費は150万円（3,000万円×5%）です。

ただし、概算取得費は実際の取得費よりも金額が低くなりやすいため、課税譲渡所得が増えて税額が上がるケースが多い点には注意が必要です。

不動産を売却するときは、売買契約書など取得時の金額がわかる書類がないかよく探すことをおすすめします。

Q.譲渡所得の控除特例と住宅ローン控除は併用可能？

3,000万円特別控除や軽減税率の特例、買い換え特例などと住宅ローン控除は、原則として併用できません。

具体的には、新しく取得したマイホームに住み始めた年とその前の2年間、その後の3年間の計6年間に3,000万円特別控除を適用すると住宅ローン控除は受けられなくなります。

たとえば、2026年に新居に住み始める場合、2024年〜2029年のあいだに3,000万円特別控除を適用する場合、住宅ローン控除は受けられません。

まとめ

不動産の売却益が長期譲渡所得に該当する場合、税率は約20%と短期譲渡所得の約半分となります。3,000万円特別控除や10年超所有軽減税率の特例などを活用できると、譲渡所得税の負担を軽減することが可能です。

長期譲渡所得と短期譲渡所得のどちらに該当するかは、売却した年の1月1日時点の所有期間で判断します。売却した日を基準に所有期間を数えるわけではない点に注意が必要です。

また、譲渡所得が生じたときや控除特例を適用するときは確定申告が必要です。不動産を売却する場合は、譲渡所得を適切に計算し、確定申告が必要な場合はスケジュールに余裕を持って申告に必要な書類を集め、期限内に手続きを済ませるようにしましょう。

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